Nella prima metà del Cinquecento, delle nuove e gravi scosse di terremoto provocarono il crollo del campanile. Questa rovinosa caduta comportò la distruzione oltre che della stessa torre campanaria anche della sacrestia, dell’area presbiterale, dell’antico coro e di alcuni altari contenuti nel presbiterio.
Nel 1564, seguendo le indicazioni del Concilio di Trento (1545 – 1563), furono istituite e realizzate le carceri per il clero all’interno della sacrestia. In seguito, queste carceri furono spostate nella torre campanaria e furono adoperate per incarcerare i preti della stessa diocesi.
“Co[n]cluso parime[n]te da noi et votato, che considerando quanto sia cosa brutta et disconverevole à la dignità canonicale qualora che occorresse stasi carcerato alcun di noj prefati canonici star prigione[m] nelli carcerj secularj…” (ADG, C. F. LUCINI,II W Visite 26)